Nejsem federalista, protože jsem nikdy předložil celý systém svých názorů na vyznání jakékoli strany lidí, ať už je cokoli. . . . Taková závislost je poslední odhození svobodného a morálního agenta. Kdybych nemohl jít do nebe, ale se stranou bych tam vůbec nešel.
(I am not a Federalist, because I never submitted the whole system of my opinions to the creed of any party of men whatever. . . . Such an addiction is the last degredation of a free and moral agent. If I could not go to heaven but with a party, I would not go there at all.)
Ve své knize „American Sphinx: Postava Thomase Jeffersona“, Joseph J. Ellis zkoumá Jeffersonovu silnou individualitu a neochvějné závazek k jeho osobní víře. Jeffersonovo odmítnutí federalismu zdůrazňuje jeho pohrdání dogmatickou dodržování jakékoli politické strany nebo systému. Věřil, že se zcela vyrovnává se stranou ohrožující svobodu a morální autonomii, kterou považoval za ponižující.
Jeffersonova perspektiva odráží jeho názor, že skutečná svoboda zahrnuje schopnost myslet samostatně a udržovat osobní integritu, a to i v politických záležitostech. Skvěle prohlásil, že pokud by se připojil ke straně bylo požadavkem na duchovní výstup, raději by se mu úplně vyhýbal. Toto přesvědčení zdůrazňuje jeho víru v význam individuálního myšlení a nebezpečí politické shody, které považoval za škodlivé pro osobní i společenskou pohodu.